Propagation du Covid, évolution du virus, vaccins… Le point sur les connaissances en 2023

Nicolas Pulik, Inserm; Armelle Pasquet-Cadre, Inserm et Claveau Nathan, Inserm

Si la pandémie de Covid semble marquer le pas, elle n’en est pas terminée pour autant… Après trois ans, il est toutefois possible de prendre du recul sur cinq points majeurs qui ont soulevé beaucoup de questions et de débats, tant à propos du virus que des moyens de le combattre.

La pathogénicité du virus

Tous les virus évoluent dans le temps, y compris le SARS-CoV-2. De nombreux variants ont été identifiés et sont classés par l’OMS en tant que « variants préoccupants » (VOC, pour « variants of concern ») ou « variants à suivre » (VOI, pour « variant of interest ») – ce sont les fameux Alpha, Delta ou plus récemment Omicron… qui ont scandé l’actualité en 2021 et 2022, et aujourd’hui considérés comme « anciennement préoccupants ».

Depuis début 2022, le variant Omicron domine dans le monde, avec le sous-lignage BA.5. La force de ce dernier réside dans sa capacité à échapper à la protection immunitaire induite par une première infection (par BA.1…) et/ou une vaccination antérieure. Il tend à être remplacé par le sous-lignage XBB.1.5, venu des États-Unis et classé VOI.

Les variants dont le nom commence par la lettre « X » sont dits recombinants, car ils résultent du mélange génétique de deux variants précédents – en l’occurrence entre deux sous-lignages de BA.2 pour XBB.1.5. La recombinaison est un moyen d’évolution du virus au même titre qu’une mutation « simple », qui correspond à une modification génétique du virus.

Les variants ont longtemps été caractérisés par leur lieu d’émergence. Les typologies par alphabet grec (VOC) et par alphabet composé (VOI) ont ensuite remplacé la dénomination géographique initiale stigmatisante (variants « anglais », « indien », etc.). Bien que les lieux d’émergence des nouveaux variants soient variés, leur diffusion rapide à l’échelle planétaire occulte cet aspect.

Le public le plus vulnérable

Les personnes âgées et vulnérables sont plus à risque de développer des complications, des comorbidités et des formes graves de la maladie. Mais le Covid-19 peut affecter tout le monde, quel que soit l’âge ou la condition physique.

Des études, françaises et internationales, ont mis en évidence que la précarité était également associée à un risque accru d’infection et de Covid sévère. Le travail de l’Observatoire régional de la santé (ORS) Île-de-France et de l’Insee a notamment mis en évidence dès avril 2020 une surmortalité dans les territoires les plus pauvres, particulièrement marquée en Seine-Saint-Denis. Bien qu’aucun lien de causalité ne soit encore clairement établi, des corrélations avec des facteurs environnementaux, urbains, sociaux et relatifs aux systèmes de soins sont envisageables.

Par ailleurs, il a été décrit certains facteurs associés au Covid long tel que la sévérité initiale ou le nombre de symptômes présents à la phase aiguë. Cependant des individus en bonne santé peuvent expérimenter un Covid long avec des symptômes tels que la fatigue, des douleurs thoraciques et des céphalées, ressentis des mois après guérison de l’infection aiguë.

Prévenir la propagation du virus

La transmission du SARS-CoV-2 est largement liée à la « charge virale », soit la quantité de virus présente dans l’organisme des personnes infectées ou malades. Elle est généralement soit aérienne (via des gouttelettes, aérosol) ou bien par contact (direct ou indirect).

L’application de mesures de distanciation physique permet donc de réduire le risque de transmission.

Et du fait qu’elle est majoritairement aéroportée, la ventilation régulière des espaces fermés (renouvellement de l’air) et le port du masque sont également pertinentes pour réduire la transmission du virus. Une revue récente de la littérature a mis en évidence qu’une transmission longue distance (>2m) du SARS-CoV-2 était possible dans des endroits confinés comme le restaurant, le bureau et que celle-ci était associée à une aération inadéquate de ces espaces.

L’intérêt des masques

Le port du masque est une des mesures clefs pour réduire la propagation du SARS-CoV-2 – et des infections respiratoires de façon plus large. En effet, le port du masque permettrait de réduire l’exposition virale si porté de façon adéquate (principalement en ce qui concerne le masque FFP2).

Plusieurs études ayant examiné son impact sur la dynamique épidémique du SARS-CoV-2 avaient peiné à conclure à un effet significatif sur la propagation du virus… Cependant, les auteurs ont modéré ces résultats, notamment à cause d’un grand nombre de biais existant dans les essais menés et d’un nombre relativement faible de personnes ayant suivi les directives sur le port du masque. Ce qui a pu affecter les résultats des études.

Une revue de la littérature portant sur 172 études a, elle, conclu que les masques étaient efficaces pour prévenir la transmission des virus respiratoires (SARS-CoV-2, du SRAS ou du MERS).

L’impact des vaccins

La mise au point de plusieurs vaccins efficaces contre le SARS-CoV-2 a constitué une avancée majeure en 2020. Jamais auparavant, une campagne de vaccination n’avait démarré aussi rapidement après l’identification d’un nouvel agent pathogène.

La vaccination a eu un impact significatif sur l’évolution de la pandémie en réduisant la charge virale, l’incidence (nombre de nouveaux cas d’une maladie pour une période et une population données), les hospitalisations et les décès – sauvant ainsi des dizaines de millions de vies dans le monde. Selon une étude, la vaccination aurait évité 15 millions de décès entre décembre 2020 et décembre 2021. Ces effets bénéfiques se sont principalement concentrés dans les pays à haut revenu.

Les effets secondaires sont dans la grande majorité des cas mineurs. Les plus courants sont la fièvre, les céphalées et les myalgies (douleurs musculaires), qui semblent être davantage observées avec les vaccins à ARNm.

Les rares cas de myocardite (13 cas pour 1 million de doses) sont majoritairement constatés avec les vaccins à ARNm (Pfizer, Moderna). Tandis que les cas de thromboses (10 cas pour 1 million de doses) sont quant à eux observés avec les vaccins à adénovirus (AstraZeneca et Janssen).

La vaccination est restée efficace en cas d’infection par les sous-variants Omicron BA.4 et BA.5, qui prédominent encore à ce jour. L’efficacité de la vaccination est la plus élevée dans les deux premiers mois suivant l’injection puis diminue de moitié au-delà de neuf mois.

L’immunité hybride, obtenue après vaccination et infection naturelle au SARS-CoV-2, confère une protection plus durable, l’infection pouvant susciter une réponse immunitaire plus diversifiée.

Des questions demeurent

Après trois années d’une pandémie suivie presque en direct, nous avons aujourd’hui une vision plus claire sur ses cinq points, allant de la pathogénicité du virus à l’impact des vaccins.

Bien que la pandémie semble actuellement être contenue, elle est encore présente comme le montrent les chiffres toujours fluctuants des infections… Le SARS-CoV-2 ne semble donc pas prêt de disparaître et l’évolution à venir de l’épidémie reste imprévisible. De très nombreuses questions demeurent, et par conséquent, de nombreux travaux restent à mener sur le Covid.

Nicolas Pulik, Chargé de développement international - ANRS|Maladies infectieuses émergentes, Inserm; Armelle Pasquet-Cadre, Infectiologue - Responsable du pôle dispositf de crise, ANRS | Maladies infectieuses émergentes, Inserm et Claveau Nathan, Chargé de mission, dispositif de crise et animation scientifique, ANRS-MIE, Inserm

Nous remercions les auteurs ainsi que The Conversation pour l'autorisation de republication.